创新创业教育与思政教育在实际的结合中出现各种问题。在教学模式方面，仍然存在着教学模式传统化，实践环节脱离教学范畴的现象。现阶段我国教学虽然提倡理论与实践相结合的教学模式，但是在实际教学过程中还是会偏向于理论，一方面是由于理论教学是多年以来的积累，比较好开展，而实践教学比较考验教师的实战经验;另一方面是当代学生接触面广，接受了更多新潮流的思想，不愿局限在沉闷的课堂环境中，对实践操作的兴趣浓厚，这样使得供需关系不对等，形成了极大的对冲关系。在课程体系方面，创新创业教育本身存在着体系不完善，加上思政教育与之结合的课程体系未能得到较好地融合，因此课程体系要在完善创新创业教育体系和思政教育体系的过程中，再把两者的课程进行巧妙融合，形成全新的理论与实践相结合的课程体系。